En el Departamento de Caquetá el SENA comenzó a prestar servicios en 1964, a través de la regional Huila, que enviaba a sus instructores a dictar cursos de Contabilidad, Ganadería y Agricultura, estos últimos en coordinación con el Incora y el Fondo Ganadero del Caquetá. Adicionalmente, atendía a poblaciones indígenas.
En 1975 se creó el programa Caquetá financiado por la Regional Bogotá, y se dictaron los primeros cursos en las especialidades Secretariado y Salud. El Putumayo, que era atendido por Nariño pasó a integrar el Programa Caquetá y Putumayo en 1981.
En 1985 se inauguraron las instalaciones donde actualmente se encuentra la sede del SENA, gracias a la donación de un lote de terreno que hiciera el Vicariato Apostólico de Florencia, el Departamento del Amazonas, atendido por la Regional Meta y Orinoquia, pasó a integrar la unidad Caquetá y Putumayo, en 1990.
Esta unidad, que hasta entonces tenía la categoría de Seccional Florencia-Amazonia, se convirtió en 1996 en seccional Caquetá, incluyendo los Centros Multisectoriales de Florencia, Leticia y Puerto Asís. En la actualidad se ha incrementado la cobertura de servicios hacia todos los sectores económicos dado el carácter multisectorial de los centros de formación que la integran.
A partir del Decreto 00250 del 29 de Enero de 2004, la Seccional Caquetá paso a ser Regional al igual que los Centros de Puerto Asís y Leticia.
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